住宅借入金等特別控除額が正しく計算されない場合は以下のような場合です

新築の住宅を購入し、かつ、その住宅の取得等が特定取得に該当する場合で、住宅の購入価格及びその住宅の購入に係る年末残高が４千万円を超えているときにおいて、控除額は40万円となることが正しい計算となるところ、控除限度額が20万円として計算されることで、控除額は20万円であるとの誤った計算結果となります。
※　この場合において、例えば、借入金の年末残高が２千万円以下で、控除額が20万円を超えない場合には、住宅の取得等が特定取得又は特別特定取得であっても、今回の不具合の影響はありません。

住宅の取得等の対価の額又は費用の額に含まれる消費税額等（消費税額及び地方消費税額の合計額をいいます。以下同じ）が８％又は10％の税率により課されるべき消費税額等である場合におけるその住宅の取得をいいます。

住宅の取得等の対価の額又は費用の額に含まれる消費税額等が、10％の税率により課されるべき消費税額等である場合におけるその住宅の取得等をいいます。

高齢者等居住改修工事等（バリアフリー改修工事）を行い、かつ、その増改築等が特定取得に該当する場合で、高齢者等居住改修工事等に要した費用の額及び当該増改築等に係る住宅借入金等の年末残高が1,000万円を超えている場合において、控除額は12万５千円となることが正しい計算となるところ、控除限度額が12万円として計算されることで、控除額は12万円であるとの誤った計算結果となります。

その住宅の増改築等に要した費用の額に含まれる消費税等が８％又は10％の税率により課されるべきものである場合における、その住宅の増改築等をいいます。