確定申告で公金受取口座を登録する際、還付金の振込口座とは別の口座を、公金受取口座として登録したいのですが、可能ですか。

確定申告では、還付金の振込口座と別の口座を公金受取口座として登録することはできません。
別の口座を登録する場合は、確定申告の際に登録申請を行わずにマイナポータル（外部サイト）から登録を行ってください。